微波灭菌的机理在于细菌、成虫与任何生物细胞 样，是由水、蛋白质、核酸、碳水化合物、脂肪和无机物等复杂化合物构成的 种凝聚态介质。其中水是生物细胞的主要成分，含量在75～85%，因为细菌的各种生理活动都必须有水参与才能进行，而细菌的生长繁殖过程，对各种营养物的吸收是通过细胞膜质的扩散、渗透和吸附作用来完成的。在特定强度微波场的作用下，物料中的虫类和菌体也会因分子极化驰豫，同时吸收微波能升温。
由于它们是凝聚态物质，分子间的作用力加剧了微波能向热能的能态转化。从而使体内蛋白质同时受到无极性热运动和极性转动两方面的作用，使其空间结构变化或破坏，而使蛋白质变性。蛋白质变性后，其溶解度、粘度、膨胀性、渗透性、稳定性都会发生明显的变化，而失去生物活性。另一方面，微波能的非热效应在灭菌中起到了常规物理灭菌所没有的特殊作用。也是造成细菌死亡的原因之 。
微波干燥杀虫机主要采用微波对食品进行辐射杀菌，微波杀菌主要靠微波的生物效应和热效应。食品在微波的辐射下细胞膜断面的电位分布受到影响，造成细胞膜周围电子、离子浓度和细胞膜的通透性能改变，造成细胞营养不良，不能正常新陈代谢，细胞结构功能紊乱，生长发育受到抑制而死亡。
微波的热效应是菌体由于吸收微波能升温。使物料的水分子升温挥发，从而使细菌体内蛋白质同时受到无极性热运动和每秒钟24.5亿次震荡的作用，使其空间结构变化或破坏，而使蛋白质变性。蛋白质变性后就失去生物活性。传统的杀菌和消毒方法有很多种，有通过温度进行杀菌的巴氏杀菌和高温杀菌，也有通过红外、紫外或臭氧进行杀菌。
微波杀菌属于低温杀菌，通过微波杀菌设备处理过的食品的保质期可延长3～8倍，并且是低温处理，不破坏食品原有的营养成份、色泽、口感和天然风味。
微波干燥杀虫机应用于微波能穿透到介质和物料的深部，可是介质和物料表里 致地加热；且具有低温、常压、，低耗能、易操作、易维护，产品保质期长可延长1/3以上：菊花，玫瑰花，花冠，花蕾，饮片，茶叶，金银花，花茶可以 机多用，即可同时可烘干杀菌。微波对细菌的热效应是使蛋白质变化，使细菌失去营养，繁殖和生存的条件而死亡。微波对细菌的生物效应是微波电场改变细胞膜断面的电位分布，影响细胞膜周围电子和离子浓度，从而改变细胞膜的通透性能，细菌因此营养不良，不能正常新陈代谢，细胞结构功能紊乱，生长发育受到抑制而死亡。
此外，微波能使细菌正常生长和稳定遗传繁殖的核酸[RNA]和脱氧核糖核酸[DNA]，是由若干氢键松弛，断裂和重组，从而诱发遗传基因突变，或染色体畸变甚至断裂。时间短、速度快，低温杀菌保持营养成分和传统风味，节约能源，均匀，便于控制，设备简单，工艺，善劳动条件，节省占地面积。
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更新时间：2020-04-22 
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